2006年11月21日至22日，公司第二次黨代會召開，會議聽取并審議了黨委和紀委五年來的工作報告，選舉產生公司新一屆兩委委員。

11月21日上午9時，在雄壯的國歌聲中，公司第二次黨代會在工會會議廳隆重開幕。集團公司黨委副書記、工會主席李維育、集團公司組織人事部部長陸添義、集團公司紀委副書記、監審部部長姜自力、昭通市市委常委、組織部部長楊立華、昭通市市委常委、水富縣縣委書記張朝德、公司各基層黨支部的120名黨員正式代表和17名列席代表參加會議。

會上，集團公司黨委副書記李維育代表集團公司黨委向大會的召開表示熱烈地祝賀。他在講話中指出，云天化股份第一次黨代會以來的五年，公司黨委團結和帶領全體黨員干部和員工，較好地完成了公司第一次黨代會確定的各項任務，改革發展穩定和黨的建設取得了顯著成效，為整個集團的持續快速和諧發展做出了突出貢獻，他代表集團公司黨委向五年來取得輝煌業績的云天化股份黨委和廣大員工表示崇高的敬意和衷心的感謝。他要求公司廣大員工，把這次黨代會作為新的起點，再接再厲，激流勇進，創造性的開展各項工作，不斷加快云天化股份的發展，以優異成績喜迎集團公司第三次黨代會的勝利召開。

昭通市市委常委、組織部部長楊立華、昭通市市委常委、水富縣縣委書記張朝德也向大會的召開表示熱烈祝賀。

公司黨委書記劉富云代表中國共產黨云南云天化股份有限公司第一屆委員會，向大會作題為《站在新起點、把握新機遇、促進新發展，為實現公司在“十一五”期間新的更大發展而努力奮斗》的報告。報告全面總結回顧了過去五年的工作。自2001年公司召開第一次黨代會以來，公司黨委在集團黨委的直接領導下，始終堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，認真貫徹落實黨的十六大以來的路線、方針、政策，始終堅持把促進企業生產經營和改革發展作為黨委工作的出發點和落腳點，按照“圍繞發展抓黨建，抓好黨建促發展”的基本思路，認真學習實踐“三個代表”重要思想，全面貫徹落實科學發展觀，通過開展保持共產黨員先進性教育活動，深入實施“云嶺先鋒”工程建設，有效發揮企業黨組織的政治核心作用，營造了“聚精會神搞建設，一心一意謀發展”的良好環境。五年來，公司黨建工作始終圍繞生產經營管理中心，依靠各級黨組織和廣大黨員，團結帶領全體員工，穩定生產，創新經營，強化管理，弘揚企業精神，深化企業改革，積極推進公司“三個文明”建設，黨委的政治核心作用進一步得到增強，支部的戰斗堡壘作用進一步得到提升，黨員的先鋒模范作用進一步得到發揮，實現了企業發展和企業黨建的雙向促進和良性循環，圓滿完成公司第一次黨代會提出的各項目標任務，為實現公司在“十一五”期間新的更大發展奠定了堅實的基礎。

報告的第二部分是今后五年的工作任務。根據公司當前面臨的形勢和集團公司的整體發展戰略，公司今后幾年的發展思路和奮斗目標是：以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面貫徹落實科學發展觀和黨的路線、方針、政策，以市場需求為導向，以文化建設為手段，以隊伍建設為保證，緊緊依靠技術創新、管理創新和制度創新，抓住增產降耗、挖潛增效和結構調整、產品升級兩條主線，以資本營運和產業整合為重要手段，依托現有主業優勢，堅持走新型工業化道路，努力實現企業的持續、快速、健康發展，把公司發展成為以化肥、有機化工和新材料為支柱，廣泛涉足商貿流通等領域的跨地區、跨行業、跨所有制和跨國經營的上市公司。

通過幾年努力，全面實現《公司2006-2010年發展規劃》?力爭在2010年實現總資產超過150億元，銷售收入超過100億元，利潤總額在2006年的基礎上翻一番，使公司整體實力再上一個新臺階；全體員工的思想道德素質、科學文化素質、民主法制意識和文明程度有明顯提高；公司在經濟效益增長的同時，不斷提高員工的收入水平和生活質量，持續改善企業的人居環境，努力構建和諧的云天化股份。

公司紀委書記段文瀚代表中共云南云天化股份有限公司第一屆紀律檢查委員會，向大會作題為《圍繞中心，服務大局，促進公司健康、持續、快速發展》的紀委工作報告。報告分兩個部分，全面回顧、總結了公司第一屆紀委的主要工作，并對今后五年紀委工作做出部署。